Макото Юки поступает в студенческое общежитие частной академии Гэккокан. Вскоре на него нападает монстр, называемый Тенью, что пробуждает в нём способность вызывать Персоны - сверхъестественные сущности. Члены секретного студенческого клуба SEES, занимающегося борьбой с Тенями, замечают в Макото необычный потенциал и приглашают его присоединиться к ним. Макото, изначально отстранённый и равнодушный, соглашается без энтузиазма, но постепенно начинает чувствовать связь с новыми товарищами.
Детективное бюро, в котором работают Мухе и Родди, занимается расследованиями, которые не берёт полиция. Мухе изучал магические ритуалы и обнаружил у себя способности к магии. Родди обладает значительным опытом в сыскном деле. Вдвоём они способны распутывать сложные дела, в том числе связанные с потусторонними силами. К детективам обращается девушка по имени Риэ. Она сообщает, что на местной станции видела призрака. Выясняется, что этот призрак — дух одноклассницы Риэ, который ищет мести. Мухе
В 2071 году человечество столкнулось с угрозой со стороны существ, названных Арагами. Известное оружие оказалось неэффективным против этих монстров. В ответ на вторжение выжившие построили стену, отделяющую их территории от земель, занятых Арагами. Стратеги пришли к выводу, что пассивная оборона не приведет к победе, и потребовался новый подход для отражения угрозы и восстановления контроля над планетой. Для борьбы с Арагами была создана организация «Феникс». Ее члены, элитные воины, проходят