Второй сезон аниме посвящен деятельности школьного клуба игры на музыкальном инструменте кото. Президентом клуба остается Курата. Он не планировал занимать эту должность, но был вынужден это сделать, чтобы предотвратить закрытие клуба. Для спасения сообщества Курата начал поиск новых участников. В ходе этого процесса он знакомится со старшеклассником Тикой, который подает заявку на вступление, отличаясь при этом грубым поведением. Поступок Тики привлекает внимание других учеников к клубу.

Нисикате - школьник, который постоянно пытается разыграть свою одноклассницу Такаги. Его попытки неизменно заканчиваются неудачей: девушка предугадывает его действия и сама обращает их против него. Нисикате опробовал различные стратегии, включая физическую подготовку, попытки напугать Такаги и использование логических задач. Каждый раз он терпит поражение и оказывается в неловком положении, краснея от насмешек одноклассницы. Другие ученики заметили, что Нисикате и Такаги проводят много времени

Безымянный старшеклассник имеет хорошие оценки, но избегает участия в школьных клубах. Учителя неоднократно предлагают ему присоединиться к какому-либо сообществу, однако он отказывается, находя различные предлоги. Со временем давление со стороны окружающих вынуждает его уступить, и он отправляется на поиски подходящего клуба. В одной из аудиторий он замечает девушку, которая практикуется в фокусах. Заметив её неуверенность, он предлагает помощь, что приводит к его вступлению в клуб фокусников.

В ближайшем будущем происходит событие, получившее название Скайфол. Орбитальная космическая колония выходит из строя и врезается в поверхность планеты. На месте крушения образуется крупный кратер. Вследствие генных мутаций в этой зоне появляются существа кайдзю. Природа произошедшей катастрофы остается невыясненной. Мутанты представляют угрозу для людей. Аватар по имени Рэй решает посетить место крушения колонии. Его цель - сбор оставшихся семян. Рэй не осведомлен о деталях катастрофы. Внутри