Нет выбора, кроме как предать Землю

События разворачиваются через два года после последнего значительного столкновения с фестумами. Жизнь жителей Тацумии постепенно возвращается к обычному ритму. Кадзуки Макабэ начинает сомневаться в том, что Соси Минасиро выполнит обещание вернуться и восстановить привычную реальность. Ситуация меняется, когда в бухте острова появляется подводная лодка. На её палубе находится Мисао Курусу, который утверждает, что его послал Соси. Мисао предупреждает о новом столкновении с фестумами.

С появлением Мисао конфликт между фестумами и людьми возобновляется. Кадзуки и другие пилоты фафниров вынуждены снова вступить в борьбу с противником. Это событие становится началом очередной битвы, которая может определить будущее как человечества, так и фестумов. Противостояние несёт серьёзные последствия для обеих сторон.

Исход этой борьбы повлияет на существование двух миров. Будущее остаётся неопределённым, а ход событий может измениться в любой момент. Жителям Тацумии и пилотам фафниров предстоит столкнуться с вызовами, которые определят дальнейшее развитие их истории.